1 декабря 1991 года приказом начальника республиканского УВД ПМР в составе УВД ПМР создался самостоятельный отдел исправительных дел. Его первым начальником был назначен подполковник Клименко Петр Антонович . В июле 1992 года под юрисдикцию ПМР перешло учреждение ИТК-2.
      В декабре 1992 года на базе ЛТП-2 села Глинное организовываются учреждения: ЛТП-1 - для содержания лиц систематически употребляющих спиртные напитки; ИТК-1- для содержания осужденных общего и усиленного режимов; а так же самостоятельные подразделения СИЗО-1, которое в 1994 году преобразовалось в учреждение Тюрьма-1.
      С сентября 1991 года в республике началась активная работа по переходу учреждений, исполняющих уголовные наказания, под юрисдикцию республики и образованию Республиканской системы исправительных дел Приднестровской Молдавской Республики, в составе Республиканского Управления внутренних дел ПМР, для чего была образована организационная комиссия под руководством полковника в/с Клименко П.А.
      Под руководством указанной комиссии была проведена большая разъяснительная работа во всех подразделениях по переходу личного состава под юрисдикцию ПМР.
      Со 2 по 9 декабря 1991 года первым учреждением, перешедшим под юрисдикцию органов внутренних дел ПМР, было учреждение социальной реабилитации №2 (УСР-2), расположенное в с. Глиное Григориопольского района. 85% личного состава написали рапорта о переходе под юрисдикцию ПМР. Сотрудники, не желавшие переходить под юрисдикцию и принять присягу народу ПМР, были переведены в другие подразделения на территории Молдовы.
      -11 декабря 1991 года приказом № 105 начальника Республиканского Управления внутренних дел ПМР генерал-майора милиции Ю.А.Гросула, в составе УВД ПМР создается самостоятельный отдел исправительных дел. Первым начальником ОИД УВД ПМР назначен подполковник вооруженных сил Клименко П.А.
      - июль 1992 года. Администрация ИТК-2 строгого режима, расположенная в г.Тирасполе полностью переходит под юрисдикцию ПМР, образовав учреждение ПР1/2.
       - июль 1992 года. Личный состав УСР-4 г.Тирасполя переходит под юрисдикцию ПМР, образовав учреждение ЛТП-4.
      - декабрь 1992 года. На базе ЛТП-2 с.Глиное организовываются учреждения: ЛТП-1 для содержания лиц, систематически употребляющих спиртные напитки; ИТК-1 для содержания осужденных общего и усиленного режимов; а также самостоятельное подразделение СИЗО-1, которое в 1994 году преобразовано в Тюрьму-1.
      - октябрь 1994 года. На базе ЛТП-4 г.Тирасполь создается участок по содержанию условно-осужденных с обязательным привлечением к труду.
      - июнь 1993 года. Указом Президента Приднестровской Молдавской Республики, в целях создания необходимых условий отбывания наказания малолетних преступников, и ведения среди них воспитательной работы, на базе Александровской вспомогательной школы-интерната создается Воспитательно-трудовая колония.
- декабрь 1993 года. При ИТК-3 г.Тирасполь образован участок по содержанию осужденных женщин общего и строгого режимов.       - ноябрь 1997 года. По решению Правительства Республики на базе ИТК-3 г.Тирасполь сдан в эксплуатацию новый участок следственного изолятора с целью разгрузки изоляторов временного содержания Тираспольского, Бендерского и Слободзейского городских районных отделов внутренних дел.
       - июль 1999 года. С целью исполнения исправительно-трудового законодательства в части отбывания осужденных женского пола дальнейшего наказания в колонии-поселении согласно ст.66 исправительно-трудового кодекса МССР образован при ИТК-3 участок по содержанию женщин, переведенных для дальнейшего отбывания наказания в колонии-поселении в порядке поощрения.
      - 25 августа 2000 года. В связи с реорганизацией государственных органов исполнительной власти, в целях совершенствования системы исполнения уголовных наказаний Приднестровской Молдавской Республики, Указом №348 Президента ПМР органы системы исполнения наказаний Министерства внутренних дел ПМР переданы в ведение Министерства юстиции ПМР. Этим же указом, с целью сохранения функций внешней охраны учреждений и органов системы исполнения наказаний, отдельный батальон охраны и конвоирования внутренних войск передан из ведения МВД ПМР в ведение УУИС МЮ ПМР.
       - октябрь 2000 года. Указом Президента ПМР №479 в целях обеспечения правопорядка и безопасности в учреждениях и подразделениях уголовно- исполнительной системы Приднестровской Молдавской Республики создана рота специального назначения - самостоятельное подразделение в составе УУИС МЮ ПМР, которое в сентябре 2001 года преобразовано в отряд специального назначения «Скорпион» в составе УУИС МЮ ПМР.
      - август 2001 года. Сдана в эксплуатацию вторая очередь следственного изолятора на 200 человек для содержания обвиняемых и подозреваемых в совершении преступления.
      - сентябрь 2002 года. В соответствии Законом ПМР "О психиатрической помощи и гарантиях прав граждан при её оказании на базе СИЗО при ИТК-3 г.Тирасполь УУИС МЮ ПМР создано отделение стационарной судебно - психиатрической экспертизы.
       - февраль 2003 года. На основании Указа Президента ПМР от 7 февраля 2003 года №62 «Об утверждении структуры и штатного расписания Министерства юстиции, органов и учреждений юстиции ПМР на период до 2005 года» Управление УИС МЮ было реорганизовано в Государственную Службу Исполнения Наказаний и Судебных Решений МЮ ПМР.
       -апрель 2007 года. Указом Президента ПМР от 13 марта 2007 года №216 «Об утверждении Положения, структуры и штатной численности Министерства юстиции ПМР» Государственная служба исполнения наказаний и судебных решений МЮ ПМР разделяется на два отдельных структурных подразделения  Министерства юстиции: Государственную службу исполнения наказаний(ГСИН) МЮ ПМР и Государственную службу исполнения судебных решений(ГСИСР) МЮ ПМР.
              -сентябрь 2007 года. Указом Президента ПМР от 4 сентября 2007 года № 578 с 01 января 2008 года в системе министерства юстиции образованы уголовно-исполнительные инспекции с передачей им инспекций исправительных работ Министерства внутренних дел МВД ПМР.

       В настоящее время уголовно-исполнительная система МЮ ПМР располагает всеми видами учреждений и полностью способна исполнять все виды наказаний, связанных с лишением свободы, лечения больных от алкоголизма и наркомании.